A sorozatokkal kapcsolatban van egy kifejezés az amerikai angolban, a sophomore slump, ami annyit tesz, hogy minden sorozat nézettsége csökken a második évadra (a kivételek erősítik a szabályt). A szabály alól a Lost 2005 szeptember 21-én rajtoló, és 2006 május 24-én befejeződő második etapja sem volt kivétel, de a csökkenés csak minimális volt, a 15,6 milliós átlagnézettségből 15 millió maradt, ami egészen kivételes teljesítmény. A második évad premierjét sorozatcsúcsnak számító 23,4 millió néző látta.

24 epizód mellett három felzárkóztatót is felsorakoztató évad ugyanúgy Hawaii szigetén forgott, mint az első, és ennek a munkálataiban már nem nagyon vett részt az eredeti agytröszt egyik tagja: JJ Abrams új sorozatokat és filmeket készített inkább, maximum tanácsokkal látta el a Cuse-Lindelof kettőst (vagy még azzal sem). A szereplők közül Walt ugye eltűnt, Boone meg csak flashbackben/drogos látomásban jött elő, de a stábhoz csatlakozott Libby, Ana-Lucia, Mr. Eko és Bernard. 

Míg az első évad központi témája a túlélés volt, a másodikban a felfedezés és a berendezkedés: a bunkert felnyitva egy tejjel-mézzel folyó Kánaánt talált a jónép, meg egy láthatóan bolond skótot, Desmondot, aki egy gombot nyomogatott 108 percenként. Erre azt a magyarázatot kapjuk, hogy a föld alatt annyi elektromágneses energia gyűlik fel 108 percenként, hogy ha nem nyomják meg a gombot, akkor vége lesz a világnak. Locke ezt elhiszi, és nyomogat lelkesen, Jack kissé szkeptikus, Michael meg vissza akarja szerezni a fiát.

A bunkert a Dharma nevű tudományos hippicsapat építette a hetvenes években, de ha már itt voltak, akkor nem egyet, hanem jó sokat felhúztak ezekből, melyek egyfajta tudományos kísérletláncolat részeiként működtek, és a sziget furcsa tulajdonságait térképezték fel. Az egyik ilyen állomásban például azt figyelték, hogy a bunkerben a pasi megnyomja-e a gombot 108 percenként vagy sem - erről, és magáról a gombnyomogatásról videókazettákon talált oktatófilmek tájékoztattak minket.

Az évad második főmotívuma a gép farokrészének túlélőivel foglalkozott - az Oceanic 815 a levegőben 3 darabra szakadt, és a hátsó rész egy másik partszakasz mellett zuhant az óceánba. A túlélők eleve kevesebben voltak, és még annyi cuccok sem volt, mint a másik brigádnak, ráadásul az otherek előszeretettel vegzálták őket, így nem csoda, hogy a végére maradtak összesen négyen.

Miután az előző évad végén az otherek Walt elrablása közben felrobbantották Sawyerék tutaját, a három faszi (Jin és Michael még) ezen a partszakaszon ért földet ismét, és kis kommunikációs zavar után meggyőzték a társaságot arról, hogy vágjanak át a sziget belsején, és csatlakozzanak a másik csapathoz. A találkozás tragikus véget ér, és Shannon belehal, de hát az élet nem habostorta ugye, de legalább Rose és Bernard egymásra talál.

A harmadik főcsapás egy Henry Gale nevű fazonról szól, akit a lökött francia tyúk ejt foglyul és lő hátba egy nyílpuskával. Azt állítja, egy hőlégballonnal zuhant le a szigeten, és Locke-ot sikerül is meggyőznie igazáról, de persze kurvára nem az, akinek mondja magát, hanem Benjamin Linus, az otherek vezetője. Michael a gombok nyomogatása közben csetel egy sort a fiával, elszalad hogy megkeresse, de elkapják. Kap egy listát, rajta Hurley, Jack, Sawyer és Kate nevével - hozd el nekünk őket, mondják az otherek, és visszakapod a fiad.

Michael kiszabadítja Bent, lelövi Libbyt és Ana-Luciát, majd mindezt Benre keni, és elindul a zaklatott Jack, Sawyer, Hurley, Kate négyessel együtt bosszút állni. Elkapják őket, Michael viheti a gyereket egy kis hajón hazafelé, Ben meg gonoszan néz a foglyokra. Ezzel egyidőben Locke már nem hisz a számok nyomogatásában, és Desmond társaságában szabotázsra készülnek (miközben Eko meg csak nyomna egyre), de Desmond megvilágosodik, és rájön, hogy amikor legutoljára nem nyomott időben, akkor elszabadult ám a félelmetes energia - az Oceanic 815 meg lezuhant.

Most is ez történik, a visszaszámláló leáll, elszabadul a pokol, de Desmond lekúszik valami földalatti izébe, és elfordítja a főkapcsolót. Fehérség. Egy sarkvidéki kutatóállomáson két portugál faszi regisztrálja az energiahullámot, és felhívják a főnöküket, Desmond csaját, hogy megvan a sziget.