A sorozat stabil 15 milliós átlagnézettséggel, de csalódott rajongókkal kezdte a harmadik évadot, ami meg is látszott a premier számain: 18 millió nézője volt csak az új évadpremiernek október 4-én. A második évad után és közben számos kritika érte a Lostot, melyekben leginkább azt kifogásolták a nézők, hogy miért van annyi ismétlés és kihagyás az egyes epizódok között - mindezt úgy, hogy az amerikai nézők tökéletesen tisztában vannak a tévés évadok felépítésével és a sweeps (november - február - május) jelentőségével. 

A tévés év ugyanis általában szeptembertől májusig tart, azaz 36 héten át, míg a szériák 22-24 epizódot gyártanak egy-egy évadra - kiszámolható, hogy 14 héten, ha tetszik, ha nem, ismétlés lesz a tévében. Cuse és Lindelof azonban belátta, hogy egy olyan sorozat esetében, mint a Lost, ahol az epizódok szorosan összefüggenek egymással, nincs is annál idegesítőbb, mint két két kihagyás után egy epizódot kapni, majd két hétig megint tűkön ülni, így kitalálták, hogy a harmadik évadot két részre bontják: ősszel 6, tavasszal 16 epizód kerül adásba, ismétlések és kihagyások nélkül.

A kísérlet részben vált csak be: az első hatos blokk után a nézettség lezuhant 11 millióra, és csak az évadzáróra tért magához (ehhez az is hozzájárult, hogy a 2005/06-os évadban a Lost volt legtöbbet rögzített sorozat a tévében), amiben nagy szerepe volt az évadra érkező új karaktereknek, a kettéosztott történetnek és annak, hogy az első hat részben az eddigi kérdésekhez és rejtélyekhez érkezett még vagy húsz, és a nézők kezdtek türelmetlenkedni, hiszen közel két és fél év után szerettek volna végre válaszokat is kapni. 

A 12 hetes szünet alatt Cuse és Lindelof megegyezett az ABC-vel abban, hogy a Lost hat évad után véget ér, és azt is eldöntötték, hogy nem 22 részes, hanem 16-17 epizódos, pörgősebb évadokkal jelentkeznek majd, melyek februártól májusig lesznek láthatók innentől kezdve, cserébe viszont nem lesz ismétlés és kihagyás az egyes részek között (ez aztán nem jött össze, de csak minimális számú ismétléssel idegesítették a nézőket). A nézettség az év végére 15 milliós átlagra állt be, de a Lost az este 10 órás sávot 18-49-ben továbbra is uralta. 

Ez az évad szinte teljes egészében az otherekről szólt, az első hat epizódban megtudtuk, hogy Ben Linus miért rabolta el Sawyert, Kate-et és Jacket, megismerkedtünk egy rakás új szereplővel az otherek oldaláról, akik közül Juliet a sorozat egyik legkellemesebb meglepetése lett, és a következő két évadban is főszerepet töltött be. Jack megműti Bent (a gerincén van valami daganat), és marad az othereknél, míg Sawyer és Kate elmenekül, és visszatér a többiekhez, a partra (a bunker felrobbanása után ugye abban már nem nagyon lehetett élni). Az is kiderül, hogy az otherek főhadiszállása nem a főszigeten, hanem egy attól nem messze található kisebben található.

A parton közben Desmond nem hal bele a bunker berobbanásába (mindenki megússza a kalandot, de Ekót később megöli a füstszörny), hanem visszakerül a múltjába, ahol elkezdi élni az életét, és mindent másképp akarna csinálni, de egy Mrs. Hawking nevű nő elmagyarázza neki, hogy ez nem így megy, mindennek úgy kell történnie, mint korábban, mert egyébként lőttek a világnak. Szegény Desmond. A parton magához térve a skót különleges képességgel bír: villanásokat lát a jövőből, amiben Charlie meghal, Claire viszont egy helikopterre szállva megmenekül, mint mindenki más a szigeten.

Kate a partra visszatérve fogja Locke-ot és Sayidot, és a francia nő társaságában elindulnak Jacket kiszabadítani. Útközben találnak egy félszemű fazont, aki Dharma-tagnak hazudja magát, de közben nem is az, hanem egy other. Locke addig nyomogat újabb gombokat, míg a félszemű kunyhója fel nem robban. A dzsungelben ezek után rálelnek az otherek falujára, ami eredetileg a Dharmáé volt, míg Ben el nem gázosította a hippiket - ő is velük került ugyanis a szigetre, még gyermekként. Megismerünk egy Richard Alpert nevű othert, aki nem öregszik az istennek sem, és Locke bácsi múltjához van köze.

Otherfalván Jack jól elvan, és nem akarja, hogy kiszabadítsák, de ez annyira nem érdekli Kate-et. Jack és Juliet megegyezett Bennel, hogy elmehetnek a szigetről, de ezt Locke meghiúsítja, mert Ben addig manipulálja, míg el nem kezd újabb gombokat nyomogatni, ezúttal egy tengeralattjáróban. Fel is robban az egész. Locke ezek után az otherekkel marad, és elindulnak valami templom felé, míg Sayid, Kate, Jack és Juliet visszamennek a partra, ahol közben megjelent két új arc is, Paolo és Nikki, de hálistennek hamar meghalnak, így róluk nem kell beszélni.

Az évad végén egy ejtőernyős csaj érkezik a szigetre, van nála telefon, a part mellet meg egy hajó várja, helikopterrel - Desmond látomása beválhat. A csaj neve Naomi, és a túlélőket keresi a szigeten, bár a külvilág úgy tudja, hogy mindenki meghalt, mert Widmore (Desmond csajának a faterja) így intézte. Locke az otherek között elkezd pattogni, és miután Sawyerel kinyíratja a saját apját (aki nem más, mint az a szélhámos, aki Sawyer szülei haláláért felelős), látni akarja Jacobot, aki Ben szerint a góré. Elmennek Jacob kunyhójába, ahol az Locke segítségét kéri, majd hajigálni kezdi a tárgyakat maga körül - mindezt láthatatlanul. Ben másnap egy Dharma-tömegsírba lövi Locke-ot, mindenki legnagyobb megkönnyebbülésére. A kopaszt aztán Walt kelti életre, ne tessék kérdezni, nem tudjuk.

Az utolsó részekre felgyorsulnak az események: a túlélők megküzdenek a rájuk támadó otherekkel, Charlie feláldozza magát a a többiekért, de az utolsó pillanatban figyelmezteti Desmondot, hogy Naomi és a hajó nem jó szándékkal van itt, Locke leszúrja Naomit, Jack pedig telefonál a hajónak, hogy jöjjenek értük. És amikor azt hinnénk, hogy mindennek vége, akkor kapunk egy flashbacknek hitt képsort, ami nem a múltban, hanem a jövőben játszódik, és kiderül hogy Jack és Kate sikerrel megúszta a kalandot. És itt lett vége az évadnak, egy olyan cliffhangerrel, amit nagyon nehéz űberelni.