Az ötödik évadra ugyanúgy nyolc hónapot kellett várni, mint a negyedikre, és ez kétmillió rajongójába került a sorozatnak: a kritikusok szerint zseniális negyedik évad után ennyivel csökkent a Lost nézettsége. A 11 milliós átlag persze 2009-ben nem is olyan rossz, igaz ezzel a sorozat pályafutása alatt először került ki az évvégi top húszas listából. Ez az évad tizenhét epizódból és egy összefoglaló részből állt. A szereplők közül Claire egy részben sem tűnt fel, mint ahogy Michael és Walt sem tért vissza (ez utóbbi egy részben látható volt azért), viszont ismét kaptunk új arcokat, akik viszont leginkább majd a hatodik évadban kapnak szerepet.

Az ötödik szakaszban a nézők több választ kaptak, mint eddig összesen, a nagy nyitott kérdések közül számosat lezártak a készítők, bár így is marad még vagy huszonöt-harminc, melyek között már most lehet tudni, hogy lesznek olyanok, melyekre nem kapunk választ soha. Az előző évad flashforwardjai és a megszokott flashbackek mellé egy újabb tényező került be: az időutazás. Amikor a negyedik évad végén Ben elforgatta a nagy kereket, a sziget "kiugrott a helyéből" és össze-vissza ugrál az időben, míg Locke nem teker egy újabbat rajta, és meg nem állítja a Charlotte életébe kerülő ringlispílezést 1974-ben.

Három idősíkon zajlik tehát a cselekmény: a jövőben Ben összeszedi az O6 tagjait, hogy visszavigye őket a szigetre - Mrs. Hawking segítségével aki egyébként meg Faraday muterja. A múltban ragadt szigetlakók - a robbanást túlélő Jinnel együtt - beállnak a Dharmába, a végül visszatérő Jack-Hurley-Kate-Jack-Sayid ötösfogattal együtt. A visszatéréshez annyi kellett csak, hogy hőseink felszálljanak egy repülőgépre, és jókor, jó helyen legyenek, azaz a sziget felett, amikor az éppen bevillan a jelenbe. A komplikáció: Sun, Ben, Frank és az új arcok a jelenben (2007), az Otherek kisebb szigetén a harmadik évadban megépített leszállópályán szállnak le, nem a múltban.

A hetvenes években megismerjük a Dharma történetét, találkozunk a kis Benjamin Linusszal és faszkalap apjával, megtudjuk, mitől lett olyan Ben, amilyen (mert Sayid lelövi, az otherek meg megrontják), ismét feltűnik Richard Alpert és megtudjuk, hogy Dr. Chang Miles apja. A múltbeli kacsázásnak köszönhetően kiderül, hogy Mrs. Hawking és Widmore együtt háltak a hetvenes években, és ebből lesz majd nekünk Daniel Faraday. Ők voltak az otherek, a sziget első lakóinak leszármazottai, akik annak idején a Black Rock fedélzetén érkeztek a szigetre, és elloptak egy hidrogénbombát az amerikai hadseregtől. Ezt a bombát Faraday tanácsára elásták, mert szivárgott (a radiokativitás miatt vetélnek el a nők szigeten?)

A jelenben a koporsójából feltámadt Locke, Ben, Sun, Frank és az új arcok is átkerülnek a fő szigetre, ahol megtalálnak egy Dharma-fotót a vigyorgó Jackékkel 1977-ből, Sun pedig felismeri a férjét, Jint rajta. Ben a füstszörny elé akar járulni, hogy ítélkezzen fölötte, az meg felveszi a lánya alakját, és arra kötelezi, hogy megvédje Locke-ot, és mindenben engedelmeskedjen neki. Locke visszatér az otherekhez, ahol átveszi a parancsnokságot, és közli Alperttel, hogy neki dolga van Jacobbal. Mire odaérnek Jacob házához (a szobor a parton), a másik csapat (Ilanáék) is ott terem, és kiderül, hogy Locke halott, ott a teste velük, egy koporsóban.

A másik, az Ál-Locke egy ősöreg lény, aki időtlen idők óta a szigeten él Jacobbal, és egy évszázadokon át tartó sakkjátszmát játszanak a szigetre érkező emberek segítségével, akiket a céljaik érdekében manipulálnak. Jacob a jó, a másik a rossz oldal képviselője, és ez a gonosz már régóta ki akarja nyírni Jacobot, csak ő maga nem teheti ezt meg - így Jack apja bőrébe bújva addig manipulálja a szerencsétlen Locke-ot, míg az le nem lép a szigetről és meg nem hal, hogy aztán az alakját felöltve közel férkőzhessen Jacobhoz, és Ben segítségével ki nem nyírhassa.

A múltban Faraday elmagyarázza Jacknek, hogy ha  a Dharma nem baszkurálta volna a sziget mélyén rejlő energiákat, akkor nem következik be az incidens, következésképpen nem szabadul el az elektromágnesesség, és nem kell nyomogatni a gombokat - ergo nem zuhan le a a gép. Reset/reboot. Jacknek bejön a dolog, és elindul megakadályozni a dolgot, amihez szerinte a hidrogénbomba a legfaszább eszköz. Faraday-t lelövi a saját anyja, helló, paradoxon, Jackék lövöldöznek egy sort az épülő bunkernél (1977-et írunk), majd a mélybe (az épülő bunkerbe) zuhanó Juliet felrobbantja a bombát, és fehérség.